Įstaigą sudaro šeši skyriai (Paslaugų, Gimnazijos, Statybos ir mechanikos, Vilkaviškio, Kudirkos Naumiesčio ir Pataisos namų), du sektoriniai praktinio mokymo centrai (Melioracijos (kelių statybos/remonto) transporto darbuotojų ir Žemės ūkio technologijų) ir du bendrabučiai.
